En el interior, la nave se presenta como un aula rectangular con una bóveda de cañón con dos capillas laterales y un coro de medio punto. La nave se encuentra dividida por pilastras con capiteles de estilo corinto y decorada con estucos. Estos los hicieron Luca Corbellini en 1652 y Girolamo Rossi en 1683. En la bóveda de la nave se pueden ver rosetas de estuco hechas por Girolamo Rossi. Contienen el “Triunfo de la Cruz y la Santísima Trinidad”, pintada en 1684 por Francesco Antonio Giorgioli; y “San Antonio Abad en la Gloria”, pintada en 1670 por Charles Wells.
La Iglesia de San Antonio se encuentra situada muy cerca del edificio del Ayuntamiento de Lugano.